35000 tahun yang lalu, di dinding gua Lascaux, Perancis, para pemburu Cro-Magnon
menggambar hewan mangsa mereka, dan juga garis yang dipercaya sebagai
rute migrasi hewan-hewan tersebut. Catatan awal ini sejalan dengan dua
elemen struktur pada sistem informasi gegrafis modern sekarang ini,
arsip grafis yang terhubung ke database atribut.
Pada tahun 1700-an
teknik survey modern untuk pemetaan topografis diterapkan, termasuk
juga versi awal pemetaan tematis, misalnya untuk keilmuan atau data
sensus.
Awal abad ke-20 memperlihatkan pengembangan "litografi foto" dimana peta dipisahkan menjadi beberapa lapisan (layer). Perkembangan perangkat keras komputer yang dipacu oleh penelitian senjata nuklir membawa aplikasi pemetaan menjadi multifungsi pada awal tahun 1960-an.
Tahun 1967 merupakan awal pengembangan SIG yang bisa diterapkan di Ottawa, Ontario oleh Departemen Energi, Pertambangan dan Sumber Daya. Dikembangkan oleh Roger Tomlinson, yang kemudian disebut CGIS (Canadian GIS
- SIG Kanada), digunakan untuk menyimpan, menganalisis dan mengolah
data yang dikumpulkan untuk Inventarisasi Tanah Kanada (CLI - Canadian land Inventory)
- sebuah inisiatif untuk mengetahui kemampuan lahan di wilayah pedesaan
Kanada dengan memetakaan berbagai informasi pada tanah, pertanian,
pariwisata, alam bebas, unggas dan penggunaan tanah pada skala 1:250000.
Faktor pemeringkatan klasifikasi juga diterapkan untuk keperluan
analisis.
CGIS merupakan sistem pertama di dunia dan hasil dari perbaikan aplikasi pemetaan yang memiliki kemampuan timpang susun (overlay), penghitungan, pendijitalan/pemindaian (digitizing/scanning), mendukung sistem koordinat national yang membentang di atas benua Amerika , memasukkan garis sebagai arc
yang memiliki topologi dan menyimpan atribut dan informasi lokasional
pada berkas terpisah. Pengembangya, seorang geografer bernama Roger
Tomlinson kemudian disebut "Bapak SIG".
CGIS bertahan sampai tahun 1970-an
dan memakan waktu lama untuk penyempurnaan setelah pengembangan awal,
dan tidak bisa bersaing denga aplikasi pemetaan komersil yang
dikeluarkan beberapa vendor seperti Intergraph. Perkembangan perangkat keras mikro komputer memacu vendor lain seperti ESRI, CARIS, MapInfo
dan berhasil membuat banyak fitur SIG, menggabung pendekatan generasi
pertama pada pemisahan informasi spasial dan atributnya, dengan
pendekatan generasi kedua pada organisasi data atribut menjadi struktur
database. Perkembangan industri pada tahun 1980-an dan 1990-an memacu lagi pertumbuhan SIG pada workstation UNIX dan komputer pribadi. Pada akhir abad ke-20,
pertumbuhan yang cepat di berbagai sistem dikonsolidasikan dan
distandarisasikan menjadi platform lebih sedikit, dan para pengguna
mulai mengekspor menampilkan data SIG lewat internet, yang membutuhkan
standar pada format data dan transfer.
Indonesia sudah mengadopsi sistem ini sejak Pelita ke-2 ketika LIPI mengundang UNESCO
dalam menyusun "Kebijakan dan Program Pembangunan Lima Tahun Tahap
Kedua (1974-1979)" dalam pembangunan ilmu pengetahuan, teknologi dan
riset.
Jenjang pendidikan SMU/senior high school melalui kurikulum pendidikan geografi SIG dan penginderaan jauh telah diperkenalkan sejak dini. Universitas di Indonesia yang membuka program Diploma SIG ini adalah D3 Penginderaan Jauh dan Sistem Informasi Geografi, Fakultas Geografi, Universitas Gadjah Mada, tahun 1999. Sedangkan jenjang S1 dan S2 telah ada sejak 1991 dalam Jurusan Kartografi dan Penginderaan Jauh, Fakultas Geografi,
Universitas Gadjah Mada. Penekanan pengajaran pada analisis spasial
sebagai ciri geografi. Lulusannya tidak sekedar mengoperasikan software
namun mampu menganalisis dan menjawab persoalan keruangan. Sejauh ini
SIG sudah dikembangkan hampir di semua universitas di Indonesia melalui
laboratorium-laboratorium, kelompok studi/diskusi maupun mata pelajaran.